cygwinで扱われることも想定しているらしく、きちんとsetup.exeで引っ張ってくるべきパッケージが説明されていたので、その通りに用意しました。
次にedksetup.shですが、何故かWORKSPACE、EDK_TOOLS_PATH、CONF_PATHの全てを設定した表示を出しておいて出来てなかったので
export WORKSPACE=/top/edk2-master
みたいな形で、表示されたものを手動で打ち直しました。
buildもそのままでは使えなかったので、
BaseTools/bin/Cygwin~/build -p AppPkg/AppPkg.dsc
で実行。動きはしましたがbuild.pyで「Failed to start command」エラーが出て停止。
Visual studioのnmake.exeの設定がおかしいようで、program folder(x86)を探して欲しいのにx86じゃない方を探しに行ったり、14.0をインストールしてるのに違う番号を指してしまっているのが原因のようでした。これは64bit環境なのにVSは32bit版インストールしてる自分が悪いような気もしますが。
build.pyでエラーなので
/BaseTools/source/Python/build/build.py
を訂正すれば済むだろうと思って見てたのですが思いの外長くて一旦諦めました。
(batファイルの方を眺めるとこっちの方にCygwinという単語が見えるし、shを使うこと自体が間違ってたのかもしれません。)
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